WebJul 18, 2024 · 因此,圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索,而MACCS键依赖于要匹配的预定义分子特征。“当比较ECFP / FCFP指纹和RDKit生成的Morgan指纹时,请记住ECFP4中的4对应于所考虑的原子环境的直径,而Morgan指纹采用的是。 Web摩根指纹通过定义不同的invariants 可以输出ECFP、FCFP指纹。 ECFP、FCFP 不同点主要在于如何计算atom invariants.-. ECFP 的atom invariants 是 连接信息 -. FCFP 的atom invariants 是 fature-based invariants. RDKit中Morgan算法支持的feature 有. ECFP4 和 FCFP4 中的4代表是摩根指纹的直径为4,半径 ...
【技巧篇】Discovery Studio技能之分子聚类分析 - 知乎
WebApr 28, 2010 · Extended-connectivity fingerprints (ECFPs) are a novel class of topological fingerprints for molecular characterization. Historically, topological fingerprints were … ECFPs是非常高效且流行的搜索工具,并有着广泛的应用。 ECFPs最早应用在高通量筛选(high-throughput screening,HTS)中,用于分析HTS中假阳性和假阴性先导物。此外,ECFPs也经常应用在基于配体的虚拟筛选中,用来判断化合物是否有活性。大量的实验结果表明,这种圆形拓扑指纹是效果最好的搜索工具之一。 … See more 本文参考自ChemAxon的介绍。英文版在这里。细节部分与rdkit略有不同,但原理基本一致。 扩展连通性指纹(Extended-Connectivity Fingerprints,ECFPs)是一种圆形拓扑指纹,可用于分子表示、相似性搜索、构效关系建模 … See more ECFPs的主要属性有如下几点: 1. 它通过圆形原子邻域(circular atom neighborhoods)来表示分子结构 2. 计算速度快 3. 这些特征代表特定子结构的存在与否 4. 没有经过预定义,可以表示大量不同的分子特性(包括立 … See more ECFP默认的标识符包含了高度特异的原子信息,可以表示大量的子结构特征。然而,在不同的场景中,可能需要不同的抽象方式。例如,在环上某一位置进行氯取代或溴取代时,它们的功能 … See more 基于路径的指纹(path-based fingerprints)广泛用于子结构搜索中预过滤(pre-filtering)。与这种指纹相反,ECFPs并不适合子结构搜索,而适合快速高效地筛选整个分 … See more barbara ohnesorg
RDKit 在PostgreSQL中进行分子相似性搜索_1215038665的博客 …
WebApr 17, 2024 · 扩展连通性指纹(Extended-Connectivity Fingerprints,ECFPs)是一种圆形拓扑指纹,可用于分子表示、相似性搜索、构效关系建模。 它在药物设计中有诸多应 … WebMay 12, 2024 · 因此,圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索,而MACCS键依赖于要匹配的预定义分子特征。“当比较ECFP / FCFP指纹和RDKit生成的Morgan指纹时,请记住ECFP4中的4对应于所考虑的原子环境的直径,而Morgan指纹采用的是。 barbara okeson